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线性聚丙烯酰胺凝胶毛细管电泳的迁移特性

发布日期:2015-06-07 10:46:04
凝胶毛细管电泳信号由自行设计的激光诱导荧光检测系统检测[7],不同的电场强度下,光电倍增 管数据采集频率为50 Hz,采用电动进样,由计算机程序精确控制进样时间和进样电压,从而消除进样 量的偏差(300 V/cm,进样5 s),毛细管温度由TEC装置进行温控,从进样端直至检测端保持在40尤。 3结果与讨论
3.1迁移率的测置
通过毛细管凝胶电泳分离DNA样品,电泳场强依次为:100、125、150、175、200、225、250、275、300、 325、350和375 V/cin。80 ~587 bp范围内的11个片段,每种电场强度下重复分离3次,计算得到平均 迁移率和标准偏差。测得不同长度片段的迁移速度与电场强度的关系如图1所示,相对平均标准偏差 为3%。粒子在电场中运动,除了受到电场力的作用,还会受到溶剂阻力的作用,一定时间后,两种力作 用就达到平衡。电泳迁移率为:
fL - v/E = q/6irr)r(1)
式中,f和r分别是球形离子的运动速度和有效半径,17是溶剂粘度。
图1中采用4% LPA为筛分介质,可清楚看出电泳速度与电场强度成正比,电泳速度还和DNA片 段长度有关,片段长度越小,电泳速度越快。从公式(1)来看,迁移率与电场强度无关。但在实际溶液 中,离子不可能只有一种,电泳的有效淌度还与离子半径、溶剂化作用、介电常数、溶剂粘度、离子形状、 电荷、PH、离解度等诸因素有关。在实验中,电场强度很大程度上影响着电泳迁移率。图2是由实验数 据得到的不同电场强度下测量迁移率的对数与DNA片段长度(80 ~587 bP)关系曲线图。
针对小分子和低场强;Reptation(爬行)无拉伸 区,针对稍大的分子和较高的场强的情况;Reptation拉伸区,针对更大的分子和更髙电场强度。
3.2.1 Ogstcm区Ogston模型中描述带电大分子通过高聚物网络的迁移行为:认为凝胶可看成是固 定网孔的分布,平均孔径大小依赖于凝胶成分,尤其是聚合物浓度和交联程度。对迁移的球形粒子来 说,理论假设迁移率和筛孔部分的体积成比例,凝胶形成的基质网孔没有大到影响迁移物质的形状,它 的主要作用是作为一种分子筛。在这种条件下,孔隙尺寸认为比DNA分子尺寸大得多。分离过程是在 迁移溶质能够找到一个足够大的孔隙可以利用的基础上完成的。根据这种假设,得到Ogston等式,溶 质在凝胶基质中的电泳迁移率的表达式为:
fi =/t〇exp(-aC(r + J?g)2)(2)
式中抑是溶质在自由溶液(无限稀释溶液)中的电泳淌度,a是比例常数,C是凝胶状聚合物的浓度, r为聚合物股绳厚度,'是迁移粒子(溶质)的半径,假定迁移的DNA分子是理想的弹性球形粒子,则 »iV1/2,/V是DNA分子核苷单元的链长,且假定远大于r,得到:
fi = /i〇exp( - KCN)(3)
这里,X为常量。两边取对数:
lryt = Vo - KCN(4)
从公式(4)可知,迁移率的对数与片段长度W呈线性关系。然而,由图2可见,对于LPA筛分介质,分离 双链DNA样品,电场强度100 ~375 V/cm变化,曲线没有统一的斜率,并不满足公式(4)。与文献[10, 11]中交联聚丙烯酰胺分离单链DNA大分子的情况不同,文献中改变电场强度对DNA短片段(<200 bp)的迁移率基本无影响。而在本实验中,使用LPA筛分介质,在电场强度变化的情况下,短片段迁移 率的对数值虽然很靠近,但并没有重合。说明在本实验条件下,增大电场强度,不但对长片段的迁移率 影响很大,对短片段的迁移率也有较大影响,迁移率会随着场强的增大而明显增大,Ogstons模型失效。
A是依赖于在单个筛孔中的相关DNA长度的比例常数,并假设抑和A都不依赖于电场强度和片 段长度。这个理论主要阐明迁移率和片段长度的倒 数有一个线性关系,用实验结果作迁移率和1/W的 双对数曲线,如图3所示。如果是符合Reptation无 拉伸理论,那么这个区域应该有一个相等的斜率,这 在双链DNA琼脂糖凝胶w中观察到了此现象。而 图3中曲线只是在一段区域内(>300 bP)呈线性,
更重要的是图3缺乏统一的斜率,因此,Reptation无 拉伸区的理论也不能很好地描述实验结果。
a(
N
+ bE2
(6)
3.2.3Reptation拉伸区当DNA分子相对于凝胶 平均筛孔尺寸更大时,通常用Repation拉伸理论来 描述分离过程。这种条件下,分子量太大而不能轻 易通过筛分介质孔隙,分子迂回前进,头部首先通过 筛孔,随着电场强度的增高分子的拉伸程度增大,迁移率对于分子量大小的依赖程度降低,而是更多地 依赖于电场强度["]。式(6)描述迁移率与DNA分子和电场强度的关系:
式中a是迁移率和分子量有关的常量,6是依赖于聚合物网孔大小、电荷以及粒子片段长度的常量。由 图3看出,当£一定时与log(l/A〇并不是线性关系;图4是实验中任一 DNA片段的迁移率与电 场强度的平方的双对数关系曲线,从图4可看出:当/V—定时,迁移率与£2的双对数并不是线性关系, 因此,实验结果也不满足Reptation拉伸理论。
3.3理论的修正
由以上理论分析,必须对原有理论作修正。首先,实验结果如图2中迁移率的斜率随着电场强度的 改变而改变,说明筛分粒子大小和迁移率的关系会随着电场强度而变。假定这种场依赖的〇gst〇n等式 并没有失效,只是由于改变了 DNA的有效大小,假设DNA在迁移方向拉伸,变得细长更容易通过筛孔。 DNA分子的拉伸程度与所加电场强度与真实的DNA分子量大小有关,这种处理方法使实验可以沿用 Ogston理论,而不受小分子和低电场条件的限制。
综上所述,采用可替换的LPA作为筛分介质进行双链DNA毛细管电泳,利用激光诱导荧光检测系 统检测,实验研究得出在不同电场条件下DNA分子的迁移率。用经典的理论模型对实验结果进行分 析,发现已有的经典理论不能适用,采用修正的〇gston筛分模型解释了 DNA毛细管WA凝胶电泳迁移 率依赖于电场强度与片段长度的关系,认为实验数据偏离〇gston模型是由于DNA分子在高电场下发 生了形变,得到反映这种形变的简单理论公式,使原来仅适用于低电场、小分子量以及球形粒子的 Ogston理论得到扩展,该公式提供了线性聚丙烯酰胺筛分机理的相关物理模型,改变筛分介质浓度,实 验现象也能用该模型很好地描述。此简单模型能很好地估测DNA分子的不同片段长度在不同电场强 度下的迁移率,用它可以作简单统一的曲线图以了解在LPA凝胶系统下的电泳特性。